Dự án eMule được khởi đầu vào ngày 13 tháng 5 năm 2002 bởi lập trình viên Hendrik Breitkreuz (còn được biết đến là Merkur). Merkur cảm thấy không thỏa mãn khi sử dụng chương trình client gốc của eDonkey2000 nên đã quyết định viết một chương trình tốt hơn. Trong thời gian phát triển eMule, dự án nhận thêm sự tham gia của 7 lập trình viên khác. Mã nguồn đầu tiên phiên bản 0.02 được công bố trên SourceForge vào ngày 6 tháng 7 năm 2002. Sau đó ngày 4 tháng 8 năm 2002, bản cài đặt được đầu tiên của eMule phiên bản 0.05a được phát hành. 'Hệ thống tính điểm' lần đầu tiên xuất hiện ở phiên bản 0.19a vào ngày 14 tháng 9 năm 2002. Trang web chính thức của dự án eMule bắt đầu hoạt động vào ngày 8 tháng 12 năm 2003. Từ ngày xuất hiện trên SourceForge đến nay, eMule đã được tải về hơn 199 triệu lần (tính đến ngày 31 tháng 5 năm 2006) và luôn dẫn đầu trong bảng xếp hạng phần mềm mã nguồn mở được tải về nhiều nhất trên Internet (đứng thứ 2 là Azureus, một chương trình BitTorrent client).

Hiện nay dự án eMule vẫn được tiếp tục được hoàn thiện bởi 16 thành viên: 2 người phát triển, 2 quản lý dự án (bao gồm Merkur), 3 người kiểm tra và 9 người dò lỗi. Trang web chính thức do 7 người phát triển và 4 người quyền quản trị để duy trì trang web hoạt động tốt.